在合同管理系統(tǒng)的合同收款方面，經(jīng)辦人選擇履約合同以及本次收款項，填寫收款說明、發(fā)票開具說明等信息，經(jīng)財務(wù)等相關(guān)部門以及管理者審閱后，由出納收款并記錄收款情況，流程結(jié)束后保存收款情況到合同檔案信息中。

在合同付款方面，合同管理系統(tǒng)的經(jīng)辦人選擇履約合同以及本次付款項，填寫付款說明、發(fā)票情況等信息，經(jīng)財務(wù)等相關(guān)部門以及管理者審批后，由出納付款并記錄付款情況，流程結(jié)束后保存付款情況到合同檔案信息中。

而在合同管理系統(tǒng)中合同執(zhí)行可以分為變更和補充。

合同執(zhí)行過程中需要對合同內(nèi)容進行變更時，合同管理系統(tǒng)設(shè)置的經(jīng)辦人根據(jù)實際情況填寫需要變更的信息（金額、履行期限、收款信息、付款信息等）并上傳變更合同的送審文檔，經(jīng)相關(guān)部門及管理者審批后，經(jīng)辦人根據(jù)審批意見修訂合同文本并記錄修改情況，上傳變更合同的正式文檔。相關(guān)人員打印正式文檔并簽章后，經(jīng)辦人記錄變更合同的簽訂日期，之后相關(guān)的變更內(nèi)容保存到對應(yīng)的合同檔案信息中。

然后是合同管理系統(tǒng)中對于合同的補充 ，合同執(zhí)行過程中需要對合同進行補充時，經(jīng)辦人根據(jù)實際情況填寫需要補充的信息（補充原因、補充內(nèi)容等）并上傳補充合同的送審文檔，經(jīng)相關(guān)部門及管理者審批后，經(jīng)辦人根據(jù)審批意見修訂合同文本并記錄修改情況，上傳補充合同的正式文件。相關(guān)人員打印正式文檔并簽章后，經(jīng)辦人記錄補充合同的簽訂日期。